Вранці 18 травня 1944 року силами НКВС розпочалася депортація кримських татар з батьківщини. За офіційними даними було виселено 183 155 осіб, головним чином в Узбекистан; невеликі групи татар було виселено в Казахстан, Таджикистан та в Росію. За наслідками депортації загинуло, за різними даними, від 15 до 46% татар.

Формальною причиною депортації, проведеної Народним комісаріатом внутрішніх справ СРСР за постановою Державного Комітету Оборони СРСР №ГОКО-5859 від 11 травня 1944 року, були оголошені факти співпраці значної частини кримськотатарського населення з німецькими окупантами, дезертирування із Червоної армії, боротьба з радянськими партизанами. Депортація розпочалась на світанку 18 травня і закінчилась о 16-00 20 травня - на збори давалось від кількох хвилин до півгодини, після чого людей вантажівками відвозили на залізничні станції, звідки ешелонами під конвоєм відправляли до місць заслання. Тих, хто не міг йти, розстрілювали на місці. Під час транспортування тримали впроголодь, а померлих ховали вздовж залізничних колій або просто скидали з вагонів.

За офіційними даними за два с половиною дні було виселено 183 155 осіб, з яких у дорозі померло 191. Депортація не торкнулась справжніх колабораціоністів - більшість з них була евакуйована в Німеччину, а ті, хто залишився на батьківщині, були виявлені органами НКВС у квітні-травні 1944 року і віддані під суд. Депортовані були і ті кримські татари, які повернулись в Крим із евакуації після відходу німців, а також ветерани війни - до 1946 року близько 9 тисяч з них, навіть ті, хто мав високі урядові нагороди, були вислані (в тому числі 254 офіцери); найвідоміші з ветеранів, такі як двічі Герой Радянського Союзу льотчик Амет-Хан Султан, не були депортовані, але отримали заборону на проживання в Криму.
У червні з Криму були виселені вірмени, греки та болгари. До 1948 року були перейменовані понад 80% населених пунктів Криму, які мали татарське походження.

Значна кількість депортованих (за оцінками - від 15 до 46%) померла від голоду і хвороб у першу ж зиму 1944-45 років. Їх не торкнулась беріївська амністія 1953 року і до 1956 року вони мали статус спецпоселенців без права залишити місце проживання під страхом кримінальної відповідальності. На відміну від інших депортованих народів, які повернулись у рідні землі до кінця 1950-х років, кримські татари формально отримали таке право лише в 1974 році, а фактичне - в 1989-у, коли Верховна Рада СРСР засудила депортацію кримських татар і визнала її незаконною і злочинною.